Challes-les-Eaux doit son nom à une illustre famille, les Challes.
Ceux-ci possédaient dès le XIIIème siècle un immense territoire en Bresse. Le Comte de Savoie Amédée V, par son mariage avec Sybille incorpora la Bresse à son comté et par conséquent l'ensemble des terres de Challes.

Un siècle plus tard, un des membres de la famille devint seigneur du Puy, petit village de la paroisse de Triviers. En 1594, les biens du dernier des Challes, mort sans descendance, furent cédés à Louis Milliet, baron de Faverges.
Cet illustre personnage, incontournable de l'Histoire de la Savoie, était jurisconsulte, président de Savoie, grand chancelier et également chargé d'ambassade en Suisse auprès de Louis XIV. C'est suite à cette donation que s'effectua le changement de patronyme de cette famille qui par une lettre patente du 10 octobre 1569, était rebaptisée Milliet de Challes.

Pendant plus de deux siècles, les Milliet de Challes occupèrent diverses fonctions dans l'Eglise et les magistratures ducales tels que sénateur, président de la Chambre des Comptes, évêque de Maurienne et de Tarentaise.
Le duché de Savoie, en marge du royaume de France, s'intéressait toutefois de très près aux affaires de son puissant voisin.
C'est pourquoi en 1792, la Savoie se rallie à la Révolution, provoquant l'exil volontaire des Milliet. C'est ainsi que Balmain, représentant des pays du Mont Blanc à la convention acheta les terres de Challes ainsi que son château.

Son gendre, Louis Domenget, syndic de Triviers en 1841, découvrit, lors d'une promenade le 11 avril de la même année, la source qui rapidement acquit une réputation unique en Europe.
En 1872, Triviers devint Challes-les-Eaux et ce n'est que deux ans plus tard que la construction de l'établissement thermal fut entamée.
Cet édifice accueillit alors ses premiers baigneurs, les curistes de l'époque. Dès lors, la commune prit en main sa destinée de ville thermale et touristique.